La città nacque nella seconda metà del XII secolo con il toponimo di Civitas Nova su un nucleo urbano già esistente costituito dall'antico borgo di Rovereto. La città fu fondata ufficialmente nel 1168 e in quell'anno assunse il nome attuale in onore di Papa Alessandro III, che sosteneva in quel periodo le azioni della Lega Lombarda contro il Sacro Romano Impero e che aveva scomunicato Federico Barbarossa.

Il 29 ottobre 1174 Alessandria subì un attacco delle forze imperiali che avevano già espugnato nei mesi precedenti Susa ed Asti che però rimasero bloccate di fronte al fossato che circondava la città: cominciò così un lungo assedio che terminò il 12 aprile 1175, Venerdì Santo, con la resa degli uomini del Barbarossa. Nel 1183 dopo la Pace di Costanza e su ordine dell'Impero, la città assunse il nome di Cesarea mantenendolo però per un breve periodo. Nel 1198 divenne Libero comune.

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